Modelli 3-D QSAR e COMBINE per la Predizione di Attività di Molecole Quali Potenziali Inibitori della Proteasi Principale del Virus SARS-CoV-2
Uno dei target meglio caratterizzati e altamente conservati del coronavirus SARS-CoV-2 è la proteasi principale (Mpro). La Mpro ha un ruolo essenziale nel clivaggio delle poliproteine virali, precursori delle proteine funzionali e mature che mediano la replicazione e la trascrizione virale. Il sito di clivaggio altamente specifico con una glutammina in P1 è assente nelle proteasi umane e rende questo enzima un target ideale in termini di sicurezza e selettività. In questo studio, metodi di relazione quantitativa struttura-attività di tipo tridimensionale (3-D QSAR) e comparative binding energy analysis (COMBINE) sono applicati ed hanno permesso di sviluppare dei modelli statistici caratterizzati da coefficienti r2, q2 e SDEP di buon livello che potrebbero consentire la realizzazione di una campagna di screening virtuale con lo scopo di selezionare e/o progettare potenziali molecole in grado di bloccare la Mpro e quindi il virus SARS-CoV-2.
- Rino Ragno, Valeria Esposito, Martina Di Mario, Stefano Masiello, Marco Viscovo, Richard D. Cramer. (2020) Teaching and Learning Computational Drug Design: Student Investigations of 3D Quantitative Structure-Activity Relationships through Web Applications, J Chem Educ. 97:1922-1930. doi: 10.1021/acs.jchemed.0c00117
- Rino Ragno (2019) www.3d-qsar.com: a web portal that brings 3-D QSAR to all electronic devices-the Py-CoMFA web application as tool to build models from pre-aligned datasets. J Comput Aided Mol Des, 33:855-864. doi: 10.1007/s10822-019-00231-x