Amministrazione trasparente

E’ indetta una procedura selettiva pubblica, per titoli e colloquio, per l'attribuzione di n. 1 assegno per lo svolgimento di attività di ricerca di categoria B) –  Cat. BTipologia IResponsabile: John Russo  SSD: FIS/03Titolo della Ricerca: Interazioni efficaci tra proteine tramite Reti Neurali Argomento del colloquio: Interazioni efficaci in Soft Matter Progetto di ricerca: Lo scopo della ricerca è quello di sviluppare strategie computazionali per studiare il comportamento di fase di proteine in soluzione. Il primo passo in questo approccio multi-scala consiste neldeterminare il potenziale di forza media (PFM) tra i siti superficiali delle proteine. Il PFM è ottenutomediante simulazioni atomistiche di due proteine in presenza di acqua esplicita, dove le interazionisono ottenute dal campo di forza CHARMM. I siti vengono scelti tra i contatti nei cristalli proteicidove la struttura cristallina è nota, o tra gli amminoacidi con superfici esposte al solvente. Usando latecnica dell’Umbrella Sampling, esploreremo l'interazione media tra due proteine in conformazionidifferenti e deriveremo il PFM. Il secondo passaggio consiste nell'utilizzare una rete neuraleartificiale (NN) addestrata con il PFM da simulazioni atomistiche per costruire un modello efficacedelle interazioni proteiche. Infine, verrà calcolato il comportamento di fase di proteine globularisemplici per cui è possibile il confronto con gli esperimenti. Presso il Dipartimento di Fisica dell’Università degli Studi di Roma “Sapienza”.