Analisi in silico sulle strutture delle proteine codificate dal genoma del virus SARS-CoV-2
Autori:
Martina Bianchi, Domenico Benvenuto, Veronica Ferrucci, Massimo Zollo, Massimo Ciccozzi, Stefano Pascarella
Le analisi di filogenesi molecolare hanno indicato varianti di proteine di SARS-CoV-2 le quali sono state poi caratterizzate attraverso analisi di bioinformatica strutturale; le proteine in esame sono state nello specifico: nsp2, nsp3, nsp6, ORF10, ORF3a, E ed M. Inoltre, sono stati effettuati esperimenti di docking molecolare per ipotizzare il meccanismo di interazione tra i PolyP e l'apparato replicativo del virus SARS-CoV-2.
Ambito:
Parole chiave:
Bioinformatica strutturale
proteoma
SARS-CoV-2
Bibliografia:
- Veronica Ferrucci, Dae-Young Kong, Fatemeh Asadzadeh, Laura Marrone, Roberto Siciliano, Pellegrino Cerino, Giuseppina Criscuolo, Ida Pisano, Fabrizio Quarantelli, Barbara Izzo, Giovanna Fusco, Marika Comegna, Angelo Boccia, Maurizio Viscardi, Giorgia Borriello, Sergio Brandi, Bianca Maria Pierri, Claudia Tiberio, Luigi Atripaldi, Giovanni Paolella, Giuseppe Castaldo, Stefano Pascarella, Martina Bianchi, Rosa Della Monica, Lorenzo Chiariotti, Kyong-Seop Yun, Jae-Ho Cheong, Hong-Yeoul Kim, Massimo Zollobio Long-chain polyphosphates impair SARS-CoV-2 infection and replication: a route for therapy in man. Rxiv 2020.11.18.388413; doi: https://doi.org/10.1101/2020.11.18.388413.
- Giovanetti M, Cella E, Benedetti F, Rife Magalis B, Fonseca V, Fabris S, Campisi G, Ciccozzi A, Angeletti S, Borsetti A, Tambone V, Sagnelli C,Pascarella S, Riva A, Ceccarelli G, Marcello A, Azarian T, Wilkinson E, de Oliveira T, Alcantara LCJ, Cauda R, Caruso A, Dean NE, Browne C, Lourenco J, Salemi M, Zella D, Ciccozzi M.. SARS-CoV-2 shifting transmission dynamics and hidden reservoirs potentially limit efficacy of public health interventions in Italy. Commun Biol. 2021 Apr 21;4(1):489. doi: 10.1038/s42003-021-02025-0. PMID: 33883675.
- Zella D, Giovanetti M, Cella E, Borsetti A, Ciotti M, Ceccarelli G, D'Ettorre G, Pezzuto A, Tambone V, Campanozzi L, Magheri M, Unali F, Bianchi M, Benedetti F, Pascarella S, Angeletti S, Ciccozzi M. The importance of genomic analysis in cracking the coronavirus pandemic. Expert Rev Mol Diagn. 2021 Apr 28:1-16. doi: 10.1080/14737159.2021.1917998. Epub ahead of print. PMID: 33849359.
- Cella E, Benedetti F, Fabris S, Borsetti A, Pezzuto A, Ciotti M, Pascarella S, Ceccarelli G, Zella D, Ciccozzi M, Giovanetti M. SARS-CoV-2 Lineages and Sub-Lineages Circulating Worldwide: A Dynamic Overview. Chemotherapy. 2021 Mar 18:1-5. doi: 10.1159/000515340. Epub ahead of print. PMID: 33735881.
- Bianchi M, Borsetti A, Ciccozzi M, Pascarella S. SARS-Cov-2 ORF3a: Mutability and function. Int J Biol Macromol. 2021 Feb 15;170:820-826. doi: 10.1016/j.ijbiomac.2020.12.142. Epub 2021 Jan 8. PMID: 33359807; PMCID: PMC7836370.
- Bianchi M, Benvenuto D, Giovanetti M, Angeletti S, Ciccozzi M, Pascarella S. Sars-CoV-2 Envelope and Membrane Proteins: Structural Differences Linked to Virus Characteristics? Biomed Res Int. 2020 May 30;2020:4389089. doi: 10.1155/2020/4389089. PMID: 32596311; PMCID: PMC7261327.
- Benvenuto D, Demir AB, Giovanetti M, Bianchi M, Angeletti S, Pascarella S, Cauda R, Ciccozzi M, Cassone A. Evidence for mutations in SARS-CoV-2 Italian isolates potentially affecting virus transmission. J Med Virol. 2020 Oct;92(10):2232-2237. doi: 10.1002/jmv.26104. Epub 2020 Jun 19. PMID: 32492183; PMCID: PMC7300971.
- Benvenuto D, Angeletti S, Giovanetti M, Bianchi M, Pascarella S, Cauda R, Ciccozzi M, Cassone A. Evolutionary analysis of SARS-CoV-2: how mutation of Non- Structural Protein 6 (NSP6) could affect viral autophagy. J Infect. 2020 Jul;81(1):e24-e27. doi: 10.1016/j.jinf.2020.03.058. Epub 2020 Apr 10. PMID: 32283146; PMCID: PMC7195303.
- Ciotti M, Angeletti S, Minieri M, Giovannetti M, Benvenuto D, Pascarella S, Sagnelli C, Bianchi M, Bernardini S, Ciccozzi M. COVID-19 Outbreak: An Overview. Chemotherapy. 2019;64(5-6):215-223. doi: 10.1159/000507423. Epub 2020 Apr 7. PMID: 32259829; PMCID: PMC7179549.
- Angeletti S, Benvenuto D, Bianchi M, Giovanetti M, Pascarella S, Ciccozzi M. COVID-2019: The role of the nsp2 and nsp3 in its pathogenesis. J Med Virol. 2020 Jun;92(6):584-588. doi: 10.1002/jmv.25719. Epub 2020 Feb 28. PMID: 32083328; PMCID: PMC7228367.